1. 질문
Q. 간이사업자 > 일반사업자 전환
안녕하세요.
기존에 간이사업자로 사업을 영위하다가(첫번째 사업), 작년 12월에 일반사업자로 새롭게 사업자를 하나 더 내게 되었습니다. (두번째 사업) 이 경우 기존에 냈던 간이사업자 또한 일반사업자로 전환되는 것으로 알고 있는데요. 이번에 2026년 1기 부가가치세 신고를 하려고하니 일반사업자로 새롭게 냈던 건 부가가치세 신고가 원활하게 잘 되는데 (2번째 사업자) 1번째 사업자의 경우 부가세 확정신고를 하려하니 일반으로 선택하면 일반사업자가 아니라는 안내 팝업이 뜨고, 간이로 선택하면 "간이과세자의 정기 신고 과세기간은 매년 1.1~12.31입니다"라며 팝업이 뜹니다.
이러면 기존에 첫 번째 사업자가 간이 > 일반으로 전환이 안 된 건가요? 만약 전환이 안 되었다면 전환이 안 된 이유는 무엇이고, 그럼 이 경우에는 2026년 1기 부가세 확정 신고를 할 필요가 없는 건지 여쭙고 싶습니다.
2. 사실관계 요약 및 쟁점들
사실관계 요약
질문자는 개인사업자로서 간이과세 사업장(이하 "A사업장")을 운영해 왔습니다. 2025년 12월에 일반과세자로 사업자등록을 하여 두 번째 사업장(이하 "B사업장")을 신규 개설하였습니다. 2026년 제1기 부가가치세 확정신고를 진행하면서, B사업장은 일반과세자로 신고가 정상 진행되나, A사업장은 홈택스에서 일반과세자 신고를 선택하면 "일반사업자가 아니다"라는 안내가, 간이과세자 신고를 선택하면 "간이과세자의 정기 신고 과세기간은 매년 1.1.~12.31."이라는 안내가 표시됩니다. 질문자는 관할 세무서장으로부터 과세유형전환 통지를 받거나 정정된 사업자등록증을 발급받은 사실이 없는 것으로 보입니다.
쟁점
가. 간이과세자가 일반과세가 적용되는 사업장을 신규로 개설한 경우, 기존 간이과세 사업장에 대한 과세유형 전환 사유와 그 기준시점
나. 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 경우 관할 세무서장의 과세유형전환 통지 및 사업자등록증 정정이 갖는 효력
다. 통지를 받지 못한 이 사안에서 A사업장의 현재 과세유형과 2026년 제1기 확정신고 의무의 존부
라. (부수 쟁점) 향후 전환되는 경우의 재고품등 매입세액 공제와 신고 시기
3. 쟁점별 관련 법령 및 판례·해석
가. 간이과세 배제 사유 — 부가가치세법 제61조 제1항 단서 제1호
부가가치세법 제61조 제1항 본문은 직전 연도의 공급대가 합계액이 8천만원부터 그 130퍼센트에 해당하는 금액까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액(부가가치세법 시행령 제109조 제1항: 1억4백만원)에 미달하는 개인사업자를 간이과세자로 규정하면서, 같은 항 단서 제1호에서 "간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자"는 간이과세자로 보지 아니한다고 규정합니다.
나. 전환의 기준시점 — 부가가치세법 시행령 제110조 제8항
부가가치세법 제62조 제3항의 위임에 따른 같은 법 시행령 제110조 제8항은 "간이과세자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받는 사업장을 신규로 개설하는 경우에는 해당 사업 개시일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 간이과세자에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정합니다. 국세청도 간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하게 된 사업자는 그 이후 개시하는 과세기간부터 간이과세를 적용받을 수 없다고 해석하고 있습니다(서면3팀-995, 2005. 7. 1.).
다. 과세유형전환 통지 — 부가가치세법 시행령 제110조 제1항 내지 제3항과 판례 법리
시행령 제110조 제1항은 관할 세무서장이 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 통지하고, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 당일까지 발급하도록 규정합니다. 그리고 제2항은 일반과세자가 간이과세자로 되는 경우에는 통지와 관계없이 간이과세 규정을 적용하되(부동산임대업은 통지받은 날이 속하는 과세기간까지 일반과세 적용), 제3항은 간이과세 규정이 적용되지 아니하게 되는 사업자, 즉 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에는 "통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정을 적용한다"고 규정합니다.
법원은 이 조항 구조(구 부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항·제4항, 현행 제110조 제2항·제3항에 해당)를 전환의 방향에 따라 구분되는 것으로 해석합니다. 즉 일반과세자에서 간이과세자로 전환되는 경우에는 통지 없이도 법정 시기에 전환되지만(대법원 1995. 11. 28. 선고 95누8478 판결), 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 경우에는 간이과세자 대부분이 영세사업자로서 스스로 과세유형 변경을 알고 신고·납부할 것을 기대하기 어렵고, 일반과세 전환에 따라 높은 세율과 세금계산서합계표 제출의무 등 협력의무가 새로 생기며 그 불이행 시 가산세 등 뜻밖의 부담이 발생하는 것을 방지하기 위하여 통지의무를 둔 것이므로, 과세기간 개시 20일 전까지 과세유형전환통지서가 사업자에게 도달하여야 하고, 그렇지 아니한 이상 일반과세자에 관한 규정을 적용하여 과세할 수 없다고 판시하였습니다(서울행정법원 2006구합9931 판결, 서울고등법원 2007. 5. 16. 선고 2006누23915 판결). 국세청 해석도 경정으로 공급대가가 기준금액 이상이 된 경우 세무서장은 과세유형전환 통지를 하여야 하고 사업자는 그 통지서를 받은 날이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 일반과세자로 전환된다고 하여 같은 입장입니다(부가22601-1723, 1985. 9. 3.).
라. 부수 규정
부가가치세법 제67조 제1항에 따라 간이과세자는 과세기간(1. 1.~12. 31.)이 끝난 후 25일 이내에 확정신고·납부하고, 같은 법 제66조 제1항에 따라 예정부과기간(1. 1.~6. 30.)에 대하여 직전 과세기간 납부세액의 50%가 예정부과·징수될 수 있으며(징수할 금액이 50만원 미만인 경우 등에는 징수하지 아니함), 같은 조 제3항에 따라 예정부과기간에 세금계산서를 발급한 간이과세자는 예정부과기한까지 예정신고 의무가 있습니다.
부가가치세법 제44조 제1항은 간이과세자가 일반과세자로 변경되면 그 변경 당시의 재고품·건설 중인 자산·감가상각자산에 대한 재고매입세액 공제를 규정하고, 같은 법 시행령 제86조 제1항은 그 재고품등 신고서를 "변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 신고와 함께" 제출하도록 규정합니다.
부가가치세법 시행령 제110조 제6항·제9항은 간이과세 배제의 기준이 된 사업장(기준사업장)의 연간 공급대가가 1억4백만원에 미달하거나 기준사업장이 폐업하는 경우, 일정 요건 하에 일반과세로 전환되었던 사업장에 간이과세 규정이 다시 적용될 수 있음을 규정합니다.
4. 세무분석
가. 전환 사유는 발생하였고, 법령상 전환의 기준시점은 2026년 1월 1일입니다
질문자가 2025년 12월에 본인 명의로 일반과세자인 B사업장을 신규 개설함으로써, A사업장의 사업자인 질문자는 부가가치세법 제61조 제1항 단서 제1호의 "간이과세가 적용되지 아니하는 다른 사업장을 보유하고 있는 사업자"에 해당하게 되었습니다. 전환의 기준시점은 시행령 제110조 제8항에 따라 B사업장의 사업 개시일(2025년 12월)이 속하는 과세기간의 다음 과세기간, 즉 2026년 1월 1일입니다. 질문자께서 "기존 간이사업자도 일반사업자로 전환되는 것으로 알고 있다"고 하신 것은 이 부분에 관한 한 정확한 이해입니다.
나. 그러나 과세유형전환 통지를 받기 전까지는 간이과세자에 관한 규정이 적용됩니다
간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 경우에는 위 3. 다.항에서 본 시행령 제110조 제1항·제3항과 판례 법리에 따라, 관할 세무서장의 과세유형전환 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정이 적용되고, 특정 과세기간 개시일부터 일반과세를 적용하기 위해서는 그 과세기간 개시 20일 전까지 통지서가 도달하고 사업자등록증 정정·발급이 이루어져야 합니다. 이 통지 법리는 영세사업자 보호라는 취지에 비추어 전환 사유가 공급대가 기준금액 초과인 경우이든, 이 사안처럼 일반과세 사업장의 신규 개설인 경우이든 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 국면에 마찬가지로 적용된다고 보아야 합니다. 경정에 따른 전환에서도 통지를 기준으로 전환 시기를 판단한 국세청 해석(부가22601-1723) 역시 같은 취지입니다.
이 사안에서 질문자는 과세유형전환 통지를 받은 사실이 없고 사업자등록증도 간이과세자용 그대로입니다. 특히 B사업장 개설이 2025년 12월이어서 "2026년 1월 1일 자 전환"을 위한 "과세기간 개시 20일 전 통지"가 이루어지기 어려운 일정이었습니다. 따라서 A사업장은 법령상 전환 사유가 발생하였음에도 통지가 없는 이상 현재까지 간이과세자에 관한 규정을 적용받는 상태이며, 홈택스가 A사업장을 간이과세자로 안내하는 것은 전산 오류가 아니라 이러한 법률 상태에 부합하는 정확한 처리입니다.
다. 따라서 A사업장은 2026년 제1기 확정신고 의무가 없습니다
일반과세자의 제1기 확정신고(2026. 1. 1.~6. 30. 귀속분, 신고기한 2026. 7. 27.)는 일반과세자에게 적용되는 절차입니다. A사업장은 간이과세자이므로 과세기간이 2026. 1. 1.~12. 31.이고, 부가가치세법 제67조 제1항에 따라 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내인 2027년 1월 25일까지 연 1회 확정신고·납부하면 됩니다. 홈택스의 "간이과세자의 정기 신고 과세기간은 매년 1. 1.~12. 31."이라는 안내가 바로 이 뜻입니다.
다만, 간이과세자로서 2026년 7월에 확인하실 사항이 두 가지 있습니다.
첫째, 부가가치세법 제66조 제1항에 따라 예정부과기간(2026. 1. 1.~6. 30.)에 대한 예정부과 고지서(직전 과세기간 납부세액의 50%)가 발송될 수 있으며, 고지를 받으셨다면 예정부과기한까지 납부하셔야 합니다(징수할 금액이 50만원 미만인 경우 등에는 고지가 생략됩니다).
둘째, A사업장이 세금계산서를 발급할 수 있는 간이과세자로서 예정부과기간 중 세금계산서를 발급한 사실이 있다면, 같은 조 제3항에 따라 예정부과기한까지 예정신고 의무가 있습니다. 2026년의 예정부과기한은 7월 25일이 토요일이므로 국세기본법 제5조의 기한 특례에 따라 7월 27일(월)입니다.
라. 향후 처리 — 통지 수령 여부 확인과 전환 이후의 재고매입세액 공제
첫째, 관할 세무서(또는 국세상담센터 126)에서 A사업장의 과세유형과 과세유형전환 통지의 발송·송달 이력을 확인해 두시기 바랍니다. 만약 통지서가 이미 적법하게 송달된 사실이 확인된다면 전환 시기 판단이 달라질 수 있고, 반대로 통지가 없었다면 현재의 간이과세자 지위가 확인되는 것이므로, 어느 쪽이든 신고 방향을 확정하는 데 필요합니다.
둘째, 향후 관할 세무서장으로부터 과세유형전환 통지를 받으면, 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세가 적용되고 그 이후 과세기간부터 일반과세자로 전환됩니다. 예컨대 2026년 중 통지를 받는다면 2026년 과세기간까지 간이과세가 적용되고 2027년 1월 1일부터 일반과세자가 되는 것이 원칙입니다.
셋째, 실제로 일반과세자로 전환되는 시점에는 부가가치세법 제44조에 따른 재고매입세액 공제를 놓치지 마시기 바랍니다. 전환일 현재 보유한 재고품·건설 중인 자산·감가상각자산(건물·구축물은 취득·건설·신축 후 10년 이내, 그 밖의 감가상각자산은 취득·제작 후 2년 이내의 것에 한함)에 대하여, 시행령 제86조 제1항에 따라 "일반과세 전환 시의 재고품등 신고서"를 그 변경되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 제출하여야 합니다. 예컨대 2027. 1. 1. 자로 전환된다면 2026년 귀속 간이과세 확정신고(2027. 1. 25. 기한)와 함께 신고하는 것입니다.
마. 유의사항 — 반대의 경우들
만약 B사업장이 질문자 본인의 단독 명의가 아니라 타인과의 공동사업 또는 법인 명의라면, 이는 부가가치세법상 별개의 납세의무자이므로 애초에 제61조 제1항 단서 제1호의 전환 사유 자체가 발생하지 않고, A사업장은 통지 문제와 무관하게 간이과세자 지위가 그대로 유지됩니다. 이 경우에도 신고의무의 결론(2027. 1. 25.까지 연 1회 확정신고)은 동일합니다.
한편 향후 B사업장(기준사업장)의 연간 공급대가가 1억4백만원에 미달하거나 B사업장이 폐업하는 경우에는, 시행령 제110조 제6항·제9항에 따라 일정 요건 하에 일반과세로 전환되었던 A사업장에 간이과세 규정이 다시 적용될 수 있다는 점도 참고하시기 바랍니다.
5. 결론
간이과세자가 본인 명의로 일반과세 사업장을 신규 개설하면 기존 간이과세 사업장은 부가가치세법 제61조 제1항 단서 제1호 및 같은 법 시행령 제110조 제8항에 따라 신규 사업장 개시일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간(이 사안에서는 2026년 1월 1일)부터 간이과세 규정이 적용되지 않는 것이 원칙입니다.
그러나 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 경우에는 관할 세무서장의 과세유형전환 통지가 있어야 하며, 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정이 적용됩니다(부가가치세법 시행령 제110조 제1항·제3항, 서울고등법원 2007. 5. 16. 선고 2006누23915 판결 등). 질문자는 통지를 받은 사실이 없으므로 A사업장은 현재도 간이과세자이며, 홈택스의 안내는 정확한 것입니다.
따라서 A사업장에 대하여는 2026년 제1기 부가가치세 확정신고를 할 필요가 없고, 간이과세자로서 2026년 과세기간(1. 1.~12. 31.) 전체에 대한 확정신고를 2027년 1월 25일까지 이행하시면 됩니다. 다만 2026년 7월의 예정부과 고지 납부 또는 세금계산서 발급분에 대한 예정신고 의무 여부를 확인하시고, 관할 세무서에서 과세유형전환 통지의 발송·송달 이력을 확인해 두시기 바라며, 향후 통지를 받아 일반과세자로 전환되는 때에는 재고품등 신고를 통한 재고매입세액 공제를 함께 검토하시기 바랍니다.
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본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성된 것으로, 특정 사안에 대한 세무 자문에 해당하지 않습니다. 본문에 인용된 부가가치세법(법률 제21065호, 2026. 1. 2. 시행) 및 같은 법 시행령(대통령령 제36133호, 2026. 4. 1. 시행)의 조문은 법령 원문을 기준으로 확인한 것이며, 판례 및 국세청 해석례는 국세법령정보시스템에 공개된 자료를 기초로 한 것으로 구 조문에 관한 것은 본문에 현행 조문과의 대응 관계를 함께 밝혀 두었습니다. 다만 과세유형전환 통지의 송달 여부 등 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 실제 신고·처리 전에 반드시 세무 전문가 또는 관할 세무서와 상담하시기 바랍니다. 본 글의 내용을 근거로 한 의사결정의 결과에 대하여 작성자는 어떠한 법적 책임도 부담하지 않습니다.